《中国药典》开宗明义规定每个中药的基原，但是基原的确定方法是什么呢？先搞清楚这个，再讨论金银花和山银花的问题就容易了。
先看啥是中药基原，以西洋参为例，《中国药典》规定，“本品为五加科植物西洋参Panax quinquefolium L.的干燥根。均系栽培品，秋季采挖，洗净，晒干或低温干燥。”在基原规定中，包括基原的分类位置（五加科）、中文名称（西洋参）和拉丁学名（Panax quinquefolium L.），在基原规定中，一个是土生土长、具有中国特色的、中国人发明的名称，即中文名称（西洋参），他的名称取自产地，即该品产自“西洋”，而分类位置（五加科）和拉丁学名（Panax quinquefolium L.）只在1930年代植物学传入中国后，利用植物分类知识，对基原植物进行品种整理，才给出分类位置（五加科）和拉丁学名（Panax quinquefolium L.www.jyhzj.com），三者共同组成了中药的基原。
那么基原是如何定的呢？一是看历史传承，根据古代文献的基原描述或图，按照植物学标准，确定是那个基原，只有具有历史传承的、经过长期临床验证形成的基原主流才是正源，使用历史越长，安全性越有保证。如果没有历史传承、用药历史很短，就把她定做中药基原有可能出大问题的，如木通就是1960年代摒弃了具有历史传承的木通科木通，而改用没有历史传承的关木通而导致那么多人患马兜铃酸肾病而家破人亡，这是血的教训啊。只有我国人民经过长期临床实验，从血的教训中获得的中药基原才是安全的，是最可靠的。但是由于古人对基原植物的描述和现代植物学的观察点不同，对多数基原植物来说，这种方法往往只能确定一个范围，或者排除一些植物，不能确定到现在药典规定的“科名和拉丁学名”；二是产地植物学调查，采集标本，根据植物学知识，看现代主产地用的是哪个基原，和古代文献相互印证，进一步确定基原；第三，根据现代药理实验结果，对具有历史传承、已经形成的主流基原，进行安全性、有效性分析，进一步确定基原；第四，看资源量，如果某个基原有历史传承、已经形成主流品种，但是资源量太少，不能满足临床使用，也会退而求其次，选择一个相似的、资源量足够的基原。
迄今为止，对一个中药减少基原的例子很多，如金银花、葛根、五味子、大青叶等；对一个中药增加基原的也有，如肉苁蓉基原之一管花肉苁蓉。
再看柴胡，《中国药典》规定，“本品为伞形科植物柴胡Bupleurum chinense DC.或狭叶柴胡。Bupleurum scorzonerifolium Willd.的干燥根。按性状不同，分别习称“北柴胡”和“南柴胡”。春、秋二季采挖，除去茎叶和泥沙，干燥。” ，由于柴胡是国产药材，看古人如何界定柴胡基原的，先看古人如何界定的柴胡基原植物，苏颂认为，“二月生苗，甚香，茎青紫、坚硬，微有细线，叶似竹叶而稍紧小，亦有似邪蒿者，亦有似麦门冬而短者。七月开黄花。根淡赤色，似前胡而强”；李时珍认为，“北地所产者，亦如前胡而软，入药亦良，南土所所产这，不似前胡，正如蒿根，强硬不堪使用，其苗有如韭叶者、竹叶者，以竹叶者为胜，其如邪蒿者最下也”，其植物鉴定关键词是“甚香（含挥发油），叶似竹叶（平行脉），或似邪蒿（羽状分裂），或似麦冬（平行脉），但更短，花黄色，直根系（似前胡）”，按照植物学知识，“直根系、平行脉，含挥发油”，能确定为伞形科柴胡属植物，但定不了种，其中“叶似邪蒿者”可能是其他非柴胡属植物。因此根据历史传承确定柴胡基原为柴胡属植物或邪蒿类植物；根据1963版药典确定学名时的产地调查情况、当时资源情况，确定伞形科柴胡属的两种植物作为柴胡基原，邪蒿类柴胡由于现代市场不用，古人认为也是柴胡中低劣者，药理实验也不支持，就排除了；大叶柴胡经过毒理实验具有毒性，也被排除了。综合考虑，确定了柴胡的两个基原（柴胡和狭叶柴胡），而历史上认为最好的银州柴胡，由于资源量太少反而被排除在药典之外。
最后看看金银花，陶弘景指出，金银花“似藤生，凌冬不凋”，李时珍指出，“附树延藤，茎微紫色，对节生叶，叶似薜荔而青。”，花“长寸许，一蒂两花、二瓣，一大一小，如半边状，长蕊，花初开者，蕊瓣俱色白，经二三日，则色变黄。……气甚芳香。”” ；其主要植物学特征为“藤本，单叶对生，唇形花冠，花二朵并生，花初开为白，后变黄，气甚芳香”，从形态特征来看，能够满足现代植物学的鉴定标准，应是忍冬无疑，而山银花，尤其是灰毡毛忍冬，从花的数目看，不符合历史传承中对金银花基原的认识，主要是“一蒂两花”这个主要特征有所差异。从金银花也被称为“双花”、“二花”来看，忍冬作为金银花基原当之无愧，而从道地产地密银花来看，使用的品种也是忍冬，从资源量来看，由于忍冬的大规模栽培，资源量也足够，以上三点支持金银花的基原是忍冬www.jyhzj.com。但是现代药理实验对二者的研究且听下回分解。
因此，若以目前中药基原的确定方法来看，以中药饮片入药，金银花使用忍冬Lonicera japonica Thunb. 为基原应是合理的。
那么，确定中药基原方法是否合理呢？这是目前有关金银花和山银花之争的核心。如果承认这个方法合理，忍冬作为金银花基原没有异议的，其他争论就不是学术争议了。
但是，仅以含有皂苷成分就把山银花排除在金银花之外是否合理呢？如果我们利用现代药理毒理实验证明某个没有历史传承的植物增加到某个中药基原中是不是可以能不能以现代药理毒理实验直接确定中药基原，也就是说不考虑历史传承、直接利用药理毒理实验确定基原呢？这是中医思维和现代科学思维的大问题。
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